Depuis le 5 août 2025, le président Ndayishimiye a renforcé son contrôle avec un gouvernement composé de 13 ministres. Le nouveau gouvernement sera dirigé par le Premier ministre Nestor Ntahontuye, ex-ministre des Finances, en remplacement de Gervais Ndirakobuca, désormais président du Sénat.
Léonidas Ndaruzaniye a été nommé au ministère de l’Intérieur, Sécurité publique et Développement communautaire. Aux affaires étrangères, Édouard Bizimana assumera le poste d’Intégration régionale et Coopération au développement. Le ministère de la Défense nationale et Anciens combattants sera dirigé par Marie Chantal Nijimbere, critiquée pour sa gestion au ministère de l’Économie.
Arthémon Katihabwa sera ministre de la Justice, Droits humains et Genre, tandis qu’Alain Ndikumana dirigera le ministère des Finances, Budget et Économie numérique.
Le Dr Hassan Kibeya a été nommé au ministère des Ressources minières, Énergie, Industrie, Commerce et Tourisme. Callinie Mbarushimana sera ministre de l’Environnement, Agriculture et Élevage. Le Dr Lyduine Baradahana est nommé ministre de la Santé publique, et Jean Claude Nzobaneza ministre des Infrastructures, Logement, Transports et Équipement. Le Dr François Havyarimana devient ministre de la Fonction publique, Travail et Prévoyance sociale. Le Lt-Gén Gabriel Nizigama, ainsi que Lydia Nsekera, assumeront respectivement le ministère de la Jeunesse, Sports et Culture, et Gabby Bugaga devient ministre de la Communication et Médias.
Depuis plus d’un an, le Burundi fait face à une crise économique marquée par une pénurie de carburant et un manque de dollars, exacerbant le mécontentement de la population. Le nouveau gouvernement de Ndayishimiye sera confronté à la lourde tâche de relancer une économie en difficulté, le Burundi étant classé parmi les pays les plus pauvres du monde.
